Ivan Gnidovec se rodio 29. rujna 1873. godine u selu Veliki Lipovec, u župi Ajdovec (danas biskupija Novo mesto, Slovenija). Narednog dana je bio kršten u župnoj crkvi. 29. siječnja 1880. umrla mu je majka Josipa. Iste je godine započeo, i slijedeće dovršio jedan razred škole u selu, a zatim otišao u Novo mesto, gdje je do godine 1892. polazio osnovnu školu i gimnaziju. 11. veljače 1892. umro mu je otac Ivan. Iste je godine Ivan stupio u bogosloviju u Ljubljani, gdje je ostao do ljeta 1896. 23. srpnja iste godine zaređen je za svećenika, a onda započeo svoju svećeničku službu kao kapelan u župama Idrija i Vipava (1896 – 1899).

Godine 1899. je ljubljanski biskup Anton Bonaventura Jeglič tražio primjerne svećenike, da preuzmu upravu biskupijskog Zavoda sv. Stanislava u Šentvidu nad Ljubljanom, koji je bio u nastajanju. Ivan Gnidovec je bio jedan od kandidata, koji su se prijavili za studij u Beču. Na bečkom je sveučilištu od 1899. do 1904. godine studirao klasičnu filologiju te slovenski i njemački jezik. Po povratku kući kao profesor bio je najprije pripravnik na gimnaziji u Kranju, a zatim je 19. srpnja 1904. doktorirao. 22. rujna 1905. Imenovan je za profesora i prvog ravnatelja biskupijske gimnazije Zavoda sv. Stanislava u Šentvidu nad Ljubljanom.

Bio je poznat kao zahtjevan, strog i ponizan profesor i ravnatelj, pažljiv prema učenicima i suradnicima. Za vrijeme Prvog svjetskog rata u Zavodu je bila prisilno smještena i vojna bolnica. Ivan Gnidovec je tako brinuo i za bolesne i ranjene vojnike. Kako stvari govore, zahtjevni rad u Zavodu te brige u vijeme rata su ga iscrpili, zato je donio odluku da se posveti misijama.

7. prosinca 1919. napustio je Zavod sv. Stanislava i u pratnji biskupa Jegliča ušao u Misijsku družbu lazarista, koja je tada imala svoje sjedište na Taboru u Ljubljani. Nakon nutarnjeg sjemeništa (novicijata) u mjestu Groblje kod Domžala, godine 1921. položio je doživotne zavjete i bio odmah imenovan za podravnatelja bogoslova Misijske družbe. Bio je i ispovjednik u kaznionici u mjestu Begunje te pučki misionar. 5. ožujka 1923. postao je ravnatelj nutarnjeg sjemeništa Misijske družbe u mjestu Groblje te i dalje držao pučke misije.

U to je vrijeme nuncij tražio prikladnog kandidata za biskupa u Prizrenu i Skoplju. Biskup Jeglič je predlagao Ivana Gnidovca. Papa Pijo XI. ga je 29. listopada 1924. imenovao za skopsko – prizrenskog biskupa. 30. studenog 1924. zaređen je za biskupa u crkvi Srca Isusova na Taboru u Ljubljani, a na Bezgrešno, 8. prosinca iste godine, ustoličen je u Prizrenu (Kosovo).

Čim je preuzeo biskupiju posvetio se misijskom radu. Vrlo rado je posjećivao župe i vjernike. 19. ožujka 1930. blagoslovioje novu zgradu malog sjemeništa u Prizrenu (Kosovo). Godine 1934. premjestio je sjedište biskupije u Skoplje (Makedonija). Kroz 10 godina (1928 – 1938) izgradio je crkve u slijedećim gradovima i selima: Peć, Đakovica, Priština, Smač, Uroševac, Letnica, Krvoserija, Zlokućani, Dušanovac, Gusinje, Bistrenica, Pešter i Dunav.

Posvetio se svećenicima i nastojao oko njihovog jedinstva i obrazovanja. Zato je od 1925. do 1938. godine imao 9 biskupijskih sinoda, na kojima su se, prema mogućnostima, sabrali svi svećenici u biskupiji; vjernicima je uputio 11 pastirskih pisama, pripremio je tri Euharistijska i dva Marijanska kongresa. Pet puta je putovao u Rim i jednom u Chicago.

Godine 1938. je ozbiljno obolio, ali ozdravio; otada ga je pratila stalna glavobolja. 10. siječnja 1939. je teško bolestan sam otputovao u Ljubljanu. Već slijedećeg dana je iz provincijalne kuće lazarista bio prevežen u bolnicu Leonišče. Njegova tjelesna patnja se tada potpuno združila s tamnom noći traženja Boga i iskustvom napuštenosti i nedostojnosti.

Na prvi petak 3. veljače 1939. je preminuo. 6. veljače je bio pokopan među subraćom lazaristima na groblju Žale u Ljubljani. Među nazočnima je tada bio i zagrebački nadbiskup, Alojzije Stepinac, kasniji ispovjedalac i mučenik, koji je 1998. proglašen blaženim.

Kongregacija za kauze svetih je 15. prosinca 1977. dopustila ljubljanskom nadbiskupu dr. Josipu Pogačniku da započne biskupijski postupak; nadbiskup Pogačnik je obznanio početak postupka 8. veljače 1978. Postupak je zaključen 1984. te su onda dokumenti o kreposnom životu poslani u Rim. 13. siječnja 2005. je u Ljubljani otvoren biskupijski postupak o ozdravljenju po vjerojatnom Gnidovčevom zagovoru; zaključen je 24. srpnja 2006. Sabrani dokumenti su 7. kolovoza 2006. predani Kongregaciji za kauze svetih. Prefekt iste kongregacije je godinu dana kasnije, 23. srpnja 2007. potvrdio pravilnost izvedenog postupka.

Osobitost Ivana Franje Gnidovca je njegova jednostavnost. Napori mu nisu bili suvišni. Svoje je poslanstvo vidio u apostolatu, molitvi i pastoralnoj aktivnosti; vodila ga je gorljivost za duše. Od Šentvida do Skoplja obilježavaju ga godine rada, molitve, skromnosti, služenja Crkvi, a preko nje i ljudima kojima je poslan ( biskupovo geslo: Svima sve! ). To je povijest uspona i padova, uspjeha i neuspjeha, potpore i nerazumijevanja. Duhovno područje svoje povijesti je svladao više životom, ustrajnošću i vjernošću. Život mu je bio služenje Bogu. U njegovom su životu uistinu nešto značila načela, volja i vjernost. Takav način shvaćanja svojom dubinom nadilazi specifično učiteljsku, odgojiteljsku i pastirsku dužnost. Snažno je i njegovo iskustvo tamne noći vjere i patnje; iskustvo, koje ga – u mnogočemu – povezuje s velikim svetačkim osobnostima Crkve.

Riječi koje je Gnidovec napisao su vrlo rijetke. Više ima onih koji o njemu govore. Među njima se ističe (i sve zastupa) pisano svjedočanstvo njegove učenice iz Skoplja – Agnes Gonxhe Bojaxhiu, danas bl. Majke Terezije. Evo što je napisala na skroman listić, koji je 22. kolovoza 1974. darovala dvjema slovenskim redovnicama u Rimu:

„Naš biskup Gnidovec je bio svetac. Svi smo ga nazivali tim imenom. Bio je pravi svećenik po Isusovom Srcu; blaga i ponizna srca. Kad sam odlazila u misije, misio je za mene, pričestio me, blagoslovio me i rekao: U misije idete. Dajte Isusu sve, samo za Nj živite, budite samo njegovi, samo njega ljubite, samo se za Nj žrtvujte. Nek vam Isus bude sve u vašem životu. Uvjerena sam, da moli za mene i da imam u njemu zaštitnika kod Isusa. Majka Terezija“.