Janez Gnidovec wurde am 29. September 1873 im Dorf Veliki Lipovec, im Pfarrbezirk Ajdovec (die heutige Diözese Novo mesto, Slowenien) geboren. Am nächsten Tag wurde er in der Pfarrkirche getauft. Am 29. Januar 1880 starb seine Mutter Jožefa. In demselben Jahr begann er die heimische einjährige Schule zu besuchen, die er auch im nächsten Jahr absolvierte. Dann ging er nach Novo mesto, wo er bis 1892 die Volksschule und das Gymnasium besuchte. Am 11. Februar 1892 starb sein Vater Janez. Das Studium am Priesterseminar in Ljubljana begann er noch in demselben Jahr, er blieb dort bis 1896. Am 23. Juli 1896 wurde er zum Priester geweiht und trat sogleich seinen Priesterdienst als Kaplan in den Pfarren Idrija und Vipava an. (1896 – 1899).

Im Jahr 1899 suchte der Bischof von Ljubljana, Anton Bonaventura Jeglič, Priester, die dazu geeignet wären, den Vorsitz der entstehenden Diözesenanstalt des heiligen Stanislav in Šentvid einzunehmen. Janez Gnidovec war einer der Kandidaten, die sich für das Studium in Wien anmeldeten. An der Universität in Wien studierte er von 1899 bis 1904 klassische Philologie, die slowenische und deutsche Sprache. Nach der Heimkehr war er als Professor schon vor der Lehramtsprüfung am Gymnasium Kranj tätig, dann schloss er sein Studium am 19. Juli 1904 mit dem Doktorat ab. Am 22. September 1905 wurde er zum Professor und zum ersten Direktor des Diözesengymnasiums der Bildungsanstalt des heiligen Stanislav in Šentvid ernannt.

Gnidovec war als anspruchsvoller, strenger und demütiger Professor und Direktor bekannt, er schenkte sowohl den Schülern als auch den Mitarbeitern sehr viel Aufmerksamkeit. In der Zeit des ersten Weltkrieges gab es in der Bildungsanstalt auch ein notdürftiges Krankenhaus für Soldaten. Janez Gnidovec nahm sich also auch der kranken und verletzten Soldaten an. Offensichtlich erschöpften und ermüdeten ihn die anspruchsvolle Arbeit und die vielen Sorgen in der Kriegszeit im solchen Maße, dass er beschloss, sich als Priester lieber der Missionstätigkeit zu widmen.

Am 7. Dezember 1919 verließ er die Bildungsanstalt des heiligen Stanislav in Šentvid und trat in Begleitung des Bischofs Jeglič dem Orden der Lazaristen bei, der damals den Sitz in Ljubljana, im Stadteil Tabor hatte. Nach dem Noviziat in Groblje bei Domžale, im Jahr 1921, legte er das ewige Gelübde ab. Gleich darauf wurde er zum stellvertretenden Direktor im Priesterseminar der Missionsgesellschaft ernannt. Er war auch Beichtvater in der Strafanstalt Begunje, und auch Volksmissionär. Am 5. März 1923 wurde er Direktor im Noviziat der Missionsgesellschaft in Groblje, blieb aber weiter auch als Volksmissionär tätig.

In dieser Zeit suchte der Nuntius einen entsprechenden Kandidaten zum Bischof in Prizren und in Skopje. Bischof Jeglič meinte, dass Gnidovec den Voraussetzungen für eine solche Funktion entsprach. Papst Pius XI. ernannte Gnidovec am 29. Oktober 1924 zum Bischof von Prizren und Skopje. Am 30. November 1924 fand die feierliche Bischofsweihe in der Kirche » des Herzen Jesu « im Stadtteil Tabor statt.

Gleich nach Antritt der Funktion widmete sich Gnidovec der Missionsarbeit. Er besuchte gern die Pfarrgemeinden und auch die Gläubigen. Am 19. März 1930 fand die Weihe anlässlich der Eröffnung des Juniorats in Prizren, in Kosovo statt. Im Jahr 1934 verlegte er den Sitz der Diözese nach Skopje (Mazedonien). Zwischen den Jahren 1928 und 1938 wurden mit seiner Unterstützung und unter seiner Obhut Kirchen in vielen Städten und Dörfern gebaut. (Peč, Đakovica, Priština, Smač, Uroševac, Letnica, Krvoserija, Zlokućani, Gusinje, Bistrenica, Prešter und Dunav).

Den Priestern schenkte Gnidovec als Bischof viel Aufmerksamkeit. Er sorgte für ihre Ausbildung und auch für das Gefühl der brüderlichen Einheit zwischen ihnen. Zu diesem Zweck veranstaltete er zwischen 1925 und 1938 9 Synoden, an denen nach Möglichkeit alle Priester in der Diözese teilnahmen; an die Gläubigen schickte er 11 Hirtenbriefe ab, er veranstaltete drei eucharistische Kongresse und zwei marianische. Er reiste fünfmal nach Rom und einmal nach Chicago.

Im Jahr 1933 wurde er schwer krank, nach dieser Krankheit genesen, litt er aber weiterhin unter ständigen Kopfschmerzen. Am 10. Januar reiste er, schwer krank, allein nach Ljubljana ab. Schon am nächsten Tag wurde er aus der Provinzialanstalt der Lazaristen ins Krankenhaus » Leonišče« geliefert. Sein körperliches Leiden vereinigte sich damals im vollen Maße mit der anscheinend trostlosen Suche nach Gott, mit dem Gefühl der Vereinsamung und der eigenen Wertlosigkeit.

Am ersten Freitag des 3. Februars 1939 starb er. Am 6. Februar folgte die Beisetzung, er fand seine letzte Ruhestätte bei seinen Brüdern, den Lazaristen, am Friedhof Žale in Ljubljana. Unter den Trauergästen war auch Bischof Alojzij Stepinac, Bischof von Zagreb, der spätere Glaubenszeuge und Martyrer, der 1998 selig gesprochen wurde.

Der Kongregation für die Selig und Heiligsprechungsprozesse wurde dem Erzbischof von Ljubljana, Jožef Pogačnik, am 15. Dezember 1977 erteilt. Der Erzbischof verkündete den Anfang des Verfahrens am 8. Dezember 1978. 1984 wurde das Verfahren abgeschlossen, danach wurden alle Dokumente über das tugendhafte Leben von Gnidovec nach Rom geschickt. Am 13. Januar 2005 begann in Ljubljana das Diözesenverfahren über eine angebliche Genesung, die der Fürbitte an den verstorbenen Priester Gnidovec gefolgt haben soll. Das Verfahren wurde am 24. Juli beendet, die gesammelten Dokumente wurden der Kongregation am 7. August 2006 überliefert.

Der Prefekt der Kongregation für die Selig und Heiligsprechungsprozesse bestätigte am 23. Juli die Richtigkeit des ausgeführten Verfahrens.

Die Besonderheit der Persönlichkeit vom Priester Janez Gnidovec liegt in seiner Einfachheit. Anstrengungen empfand er nicht als Last, eher als Herausforderung. Seine Berufung sah er im Apostolat, im Gebet und in der priesterlichen Tätigkeit, Seelsorge war sein innigstes Anliegen. All die Jahre seiner Tätigkeit, angefangen in Ljubljana- Šentvid, bis nach Skopje, waren geprägt durch Arbeit, Gebet, und Bescheidenheit. Alle seine Bemühungen standen im Dienste der Kirche und der Menschen, zu denen er gesandt wurde. Sein bischöfliches Gelübdemotto war: » Alles an alle«… Auf seinem Lebensweg gab es sowohl Erfolge als auch Misserfolge, viele haben ihn auf seinem Weg unterstütz, es gab aber auch solche, die ihn missverstanden haben. Den Geist der Geschichte bewältigte er mit Ausdauer und treuer Ergebenheit. Sein Leben stand im Dienste Gottes. Grundsätze, Willensstärke und Treue bedeuteten ihm alles. Die Art seiner Wahrnehmung übertraf in der Tiefe die spezifischen Lehr- und Erziehungspflichten, und auch seine Pflichten als Seelsorger. Stark in ihrem Ausdruck sind auch seine Erfahrungen der Glaubensdämmerung und des körperlichen Leidens, Erfahriungen, die Gnidovec mit anderen Persönlichkeiten der Heiligen in der Geschichte der Kirche verbinden.

Von Gnidovec selbst stammen nur wenige Schriften. Es gibt mehrere von denen, die über ihn berichten. Unter den letzteren nimmt die Aussage seiner Schülerin aus Skopje, der Agnes Gonxhe Bojaxhiu, eine besondere Stellung ein. Diese Frau ist die selige Mutter Theresa. So schrieb sie auf ein kleines Stück Papier, das sie am 22. August 1974 zwei slowenischen Ordensschwestern in Rom übergab:

» Unser Bischof Gnidovec war ein Heiliger. Wir alle nannten ihn so. Er war Priester vom Herzen Jesu, Priester eines edlen und demütigen Herzens. Vor dem Antritt meiner ersten Missionsreise, hat er für mich eine Messe abgehalten, von ihm habe ich bei der Kommunion die Hostie erhalten, dann hat er mir den Segen gegeben und gesagt: » Sie gehen in Missione. Geben Sie Jesus alles, leben Sie nur für IHN, gehören Sie nur IHM, lieben Sie nur IHN und opfern Sie sich nur für IHN auf. Jesus soll Ihen im Leben alles bedeuten. « …. » Ich bin sicher, dass Gnidovec für mich betet, dass er mein Fürbitter und Beschützer ist. »