Juan Gnidovec nació el 29 de septiembre de 1873 en el pueblo Veliki Lipovec, en la parroquia Ajdovec (hoy es parte de la diócesis de Novo mesto en Eslovenia). Fue bautizado al día siguiente en la iglesia parroquial. El 29 de enero de 1880 falleció su madre Jožefa. Ese mismo año comenzó sus estudios primarios en la escuela local, viajando al año siguiente a Novo mesto, donde terminó los estudios primarios y secundarios en 1892. El 11 de febrero de 1892 falleció su padre Juan. Ese mismo año ingresó al seminario de Ljubljana y el 23 de julio de 1896 fue ordenado sacerdote. Su primer destino sacerdotal fue como vicario parroquial en la parroquia de Idria y Vipava (1896 – 1899).

En 1899 el obispo de Ljubljana Anton Bonaventura Jeglič buscaba sacerdotes que puedan tomar la conducción del Instituto diocesano San Estanislao en Šentvid en las afueras de Ljubljana. Juan Gnidovec había pedido permiso para estudiar en Viena. En la universidad de Viena estudió Filología clásica, además de estudiar los idiomas alemán y esloveno. A su regreso comenzó a enseñar en la escuela secundaria de Kranj. Obtuvo el doctorado el 19 de julio de 1904. El 22 de septiembre de 1905 fue nombrado profesor y primer director de la escuela secundaria diocesana en el mencionado Instituto San Estanislao en Šentvid.

Era conocido como profesor y director exigente, severo y sencillo, atento con los alumnos y colaboradores. Durante la primera guerra mundial parte del edificio del Instituto fue utilizado como hospital militar y Gnidovec también se ocupó de los soldados heridos y enfermos. El trabajo exigente en el Instituto y las preocupaciones durante la guerra lo dejaron muy agotado y cansado, por lo que tomó la decisión de consagrarse al trabajo misionero.

El 7 de diciembre de 1919 dejó el Instituto San Estanislao y en compañía de su obispo mons. Jeglič ingresó en la Congregación de la Misión que tenía su casa provincial en Tabor en Ljubljana. En 1921, después de finalizar el noviciado en Groblje, cerca de Domžale, realizó los votos perpetuos y fue nombrado vicedirector del seminario de la Congregación de la Misión. También fue confesor en la cárcel en Begunje y misionero popular. El 5 de marzo de 1923 fue nombrado director del noviciado de la Congregación de la Misión en Groblje y continuó con su labor de misionero popular.

En ese tiempo el Nuncio apostólico buscaba un candidato idóneo para la diócesis de Skopje - Prizren y el obispo de Ljubljana mons. Jeglič le recomendó a Juan Gnidovec. El papa Pio XI lo nombró obispo de la mencionada diócesis el 29 de octubre de 1924. El 30 de noviembre de 1924 fue ordenado obispo en la iglesia de Sagrado Corazón en Tabor, Ljubljana y el 8 de diciembre del mismo año tomó posesión de su diócesis en Prizren (Kosovo).

Enseguida se abocó al trabajo misionero en su diócesis. Con mucha alegría visitaba sus parroquias y a sus feligreses. El 19 de marzo de 1930 bendijo el nuevo edificio del seminario menor en Prizren (Kosovo). En el año 1934 trasladó la sede de la diócesis a Skopje (Macedonia). Entre los años 1928 y 1938 construyó iglesias en las siguientes ciudades y pueblos: Peč, Đakovica, Priština, Smač, Uroševac, Đakovica, Letnica, Krvoserija, Zlokućani, Dušanovac, Gusinje, Bistrenica, Pešter y Dunav.

Se consagró muy especialmente a sus sacerdotes y se esforzaba para que todos convivan en hermandad y tuvieran la formación adecuada. Por tal motivo convocó entre los años 1925-1938 nueve Sínodos diocesanos, donde se reunían todos los sacerdotes de la diócesis; envió 11 cartas apostólicas a todos los feligreses de su diócesis; preparó tres encuentros Eucarísticos y dos Marianos. Visitó cinco veces Roma y una vez Chicago en los Estados Unidos.

En 1933 enfermó gravemente pero se curó, quedándole como secuela constantes dolores de cabeza. El 10 de enero de 1939, gravemente enfermo, viajó solo a Ljubljana (Eslovenia). El día siguiente lo trasladaron de la casa provincial de Ljubljana al hospital Leonišče. Su sufrimiento corporal se fundió completamente con la noche oscura de la búsqueda de Dios, sufriendo experiencias de abandono e indignidad.

Falleció el primer viernes del mes, el 3 de febrero de 1939. El 6 de febrero de 1939 fue sepultado junto a sus hermanos vicentinos (Paúles) en el cementerio de Žale en Ljubljana. Entre los obispos presentes estuvo también Alojzije Stepinac, arzobispo de Zagreb, que más tarde fue proclamado mártir, confesor y beato el año 1998.

El 15 de diciembre de 1977 la Congregación para la causa de los santos otorgó al arzobispo de Ljubljana dr. Jože Pogačnik el permiso para el inicio del proceso diocesano de beatificación de Juan Gnidovec. El arzobispo Pogačnik anunció el inicio el 8 de febrero de 1978. Este proceso finalizó el año 1984 y los documentos fueron enviados a Roma. El 13 de enero de 2005 comenzó en Ljubljana el proceso diocesano sobre la supuesta sanación en advocación a Gnidovec y concluyó el 24 de julio de 2006; estos documentos fueron entregados a la Congregación para la causa de los santos el 7 de agosto de 2006. El prefecto de esta congregación confirmó un año más tarde, el 23 de julio de 2007, la correcta presentación del proceso.

La característica principal de la personalidad de Juan Francisco Gnidovec es su sencillez. Nunca escatimó esfuerzos. Vio su principal misión en el apostolado, en la oración y en la actividad pastoral; la fuerza impulsora era su celo por las almas . Desde Šentvid a Skopje marcan su vida años de arduo trabajo, oración, sencillez, servicio a la Iglesia y a través de este servicio su dedicación a la gente a la que había sido enviado (su lema episcopal es: »Para todos todo!«). Su vida es una historia de logros y caídas, triunfos y derrotas, solidaridad e incomprensión. Sabía manejar el terreno espiritual de la historia con su vida, dedicación y fidelidad. Su vida fue una entrega total a Dios. En su vida significaban mucho los principios, la voluntad y la entrega. Esta forma de vivir traspasa en lo más profundo la particularidad docente y paternal de la obligación pastoral episcopal. Muy fuerte es su vivencia de la noche oscura de la fe y el sufrimiento; esta experiencia lo asemeja, en muchas partes, a grandes santas personalidades de la Iglesia.

Gnidovec no dejó muchos escritos. Hay muchos más los que hablan de él. Entre ellos sobresale (y engloba a todos) el testimonio escrito de su alumna en Skopje – Agnes Gonxhe Bojaxhiu, hoy ya beata Madre Teresa. Así escribió en un pequeño papel que el 22 de agosto de 1974 les regaló a dos religiosas eslovenas en Roma: »Nuestro obispo Gnidovec era un santo. Todos lo llamábamos así. Fue un gran sacerdote a semejanza del corazón de Jesús; de corazón sencillo y dócil. Cuando partía a las misiones ofició una misa por mí, me administró la comunión y me bendijo con estas palabras: 'Usted va a las misiones. Déle a Jesús todo, viva sólo por Él, pertenézcale sólo a Él, sacrifíquese sólo por Él. Que Jesús le sea todo en su vida'. Estoy convencida que pide por mí y que tengo en él un defensor ante Jesús. Madre Teresa«.